Max Eberl, el nuevo director deportivo del Bayern que bajo el paraguas de Christoph Freund ya tiene detectados algunos de los objetivos del próximo mercado. El Bayern logró que el nombre, el escudo del club, y la camiseta blanca se mantuvieran, sin embargo, debieron utilizar pantalones cortos de color rojo oscuro -dichos colores eran los del Münchner Sportclub-. Ese mismo año resultó en uno de los peores para el club, pues acabó en última posición y descendió a segunda división. Disfrutaron de cierto éxito en su regreso, avanzando a la final de la Recopa de Europa de 1998 en Estocolmo, donde perdieron ante el Chelsea en el penúltimo año de la competición. Por motivo de su desgarro no jugó las semifinales contra Países Bajos donde Argentina pasó por penales a la final del torneo. En la fase preliminar de la segunda edición del torneo europeo, los magiares vencieron a Gales, clasificándose por primera vez en su historia para el máximo torneo continental europeo. La edición de Liga 1934-35 dejó dos resultados históricos en la historia del clásico. Fue necesario un partido de desempate en el que salieron vencedores los británicos por 2-1, eliminando así del torneo a los magiares, que sin poder contar con la mayoría de sus estrellas, vieron como se les escapaba de nuevo la oportunidad de coronar sus éxitos con la prestigiosa Copa del Mundo.
En la última fecha de visitante contra Alemania pese a la inferioridad bajo la estadística y individualidades, lograron el 0-1 con gol de Ádám Szalai, sin embargo tras un error del portero Péter Gulácsi, los alemanes lograron el empate por medio de Kai Havertz, y dos minutos después András Schäfer anotaba el segundo para la ventaja húngara momentáneamente, que los dejaba parcialmente como segundos clasificados en su grupo, lamentablemente para los magiares, en el minuto 84 Leon Goretzka aprovechaba un error defensivo y anotaba el empate y la clasificación de Alemania a octavos de final, dejando a los húngaros fuera pese a dar la sorpresa dando pelea a 3 de los mejores equipos del mundo. Desde que llegasen las marcas deportivas al mundo del fútbol, la marca alemana de Adidas ha sido la encargada de vestir al combinado húngaro, siendo históricamente una de las selecciones más fieles a ella y aún sigue vistiéndola en la actualidad. En estos años, lo más cerca que estuvo de volver a un torneo internacional fue en la Clasificación para la Copa Mundial de Francia 1998, donde terminó segunda del Grupo C con 12 puntos, obteniendo el derecho de disputar la repesca. 51′ Remate Remate parado junto al lado derecho de la portería.
Les aventajan en 10 puntos con 24 por disputarse. 2 les anotaron goles en contra, lo que provocó el 0-3 final a favor de los portugueses. El desmembramiento del equipo, unido a la fatídica final del anterior Mundial, resultaron en una nueva decepción. Tras quedar sin posibilidades de clasificar a la Copa Mundial de Fútbol de 2022 luego de ubicarse en cuarto lugar del grupo I, fue emparejada en el grupo A3 de la Liga de Naciones de la UEFA 2022-23, junto con Inglaterra, Alemania e Italia, camiseta mbappe considerado como «grupo de la muerte». Comenzó su participación con una victoria por la mínima en Budapest ante Inglaterra, no obstante perdería su siguiente encuentro en condición de visitante por 2-1 ante Italia, en el tercer partido de local ante Alemania consiguió un empate de 1-1, pero en la siguiente fecha Hungría tuvo su mejor partido al derrotar por goleada en Wolverhampton a Inglaterra por 0-4, con goles de Rolland Salai por partida doble, Zsolt Nagy y Daniel Gázdag, siendo la primera vez desde 1953 que derrotan a Los 3 Leones como visitantes, luego tendrían otra victoria como visitante ante Alemania por la cuenta mínima, en la última fecha en condición de local ante Italia, Hungría tenía posibilidades de disputar por primera vez el Final Four con solo conseguir un empate ante La Azzurra, lamentablemente perdieron por 0-2 quedando segundos del grupo, pero a pesar de eso, los magiares nuevamente dejaron una buena impresión en una competición.
En cuartos de final vencieron 5-4 a Alemania Democrática y en cuartos golearon a la selección francesa por 5-2. Sin embargo, España logró eliminar a la selección húngara venciéndola por 2-1 con un gol de Amancio en la prórroga. Con una nueva oportunidad en el Mundial de 1962 de Chile, Hungría fue ampliamente superior en la fase de clasificación, donde ganó tres de los cuartos enfrentamientos que disputó ante Alemania Democrática y los Países Bajos. No logró clasificar a la Copa Mundial de 1974 y en sus tres presentaciones mundialistas posteriores -Argentina 1978, España 1982 y México 1986- solo ganó 2 de los 9 partidos que disputó y no logró superar la fase de grupos. En Inglaterra alcanzó los cuartos de final, donde cayó ante Unión Soviética por un marcador de 2-1, luego de haber eliminado en la fase de grupos a campeón defensor Brasil. En la Clasificación para la Eurocopa 2020, Hungría comenzó la clasificatoria el 21 de marzo de 2019 perdiendo ante Eslovaquia por 0-2 en Trnava, Sin embargo, el 24 de marzo le tocó enfrentarse a la vigente subcampeona del mundo, Croacia en Budapest, donde comenzó perdiendo por 0-1 con gol de Ante Rebić pero lo terminó remontando con goles de Ádám Szalai y Máté Pátkai obteniendo su primera victoria en la clasificatoria.